アニサキスはサバ、アジ、イワシ、サンマ、ホッケ、イカなどの魚に寄生しており、生で食べることにより胃に寄生します。内視鏡的に除去せずそのまま放置すると、胃腸内で好酸球性肉芽腫（炎症を起こした塊）になることがあります。

アニサキスは他の動物の組織に付く性質があり、組織に頭部を潜り込ませて内蔵表面や筋肉に寄生します。人に寄生する場合も同様で、胃や腸の壁に頭部を潜り込ませます。その際に強い痛みが生じたり、胃の防御反応として嘔吐を来たします。
通常、生魚やイカなどを食べた6-9時間後に強い腹痛・嘔吐などが起こります。この強い痛みは徐々に改善しますが、1-2週間するとアニサキスが胃腸の壁に完全に埋没してしまい好酸球性肉芽腫になることがあります。また生きの良い（元気な）アニサキスの場合、胃腸の壁を突き破り穴を開けてしまい（穿孔）、腹部の激痛を来たし、治療をしないと死亡することもあります。

症状が出て数時間であれば胃内に留まっていることが多く、上部内視鏡検査（胃カメラ）で胃粘膜を直接観察することで分かります。それより下の腸（小腸～大腸）にアニサキスが寄生していることが疑われる場合は、Ｘ線を使用し直接アニサキスを探すこともあります。
（アニサキス画像）
上記のように胃粘膜に線状のアニサキスを認めます。

胃粘膜に付いているアニサキスを摘出します。肉芽腫になっている場合には2-3ヶ月で、徐々に自然治癒します。
上記のように内視鏡の先端から鉗子を出し直接つかむことで摘出を行います。

例えば、おろしていない1尾の魚を購入する場合は、鮮度のいいものにして、できるだけ早く内臓を取り除いてください。また、アニサキスは肉眼でも発見できるサイズですので、白い糸状のものがないか、調理中にしっかり確認しながらさばいてください。発見したらきれいに取り除きますが、筋肉に寄生していた場合残り全てを発見するのは難しいため、アニサキスが発見された魚は生では食べず、しっかり加熱して食べることをお勧めします。
調理で使う程度の塩や酢、わさび、唐辛子などでアニサキスは死にませんが、しっかり加熱することで死滅します。また、－20℃以下で24時間以上冷凍した場合もアニサキスは死滅します。ただし、アニサキスアレルギーがある場合には、十分に加熱・冷凍して死滅したアニサキスでも症状が現れますのでご注意ください。